رهبر معظم انقلاب اسلامی در پی رحلت عالمِ عارف و اخلاقی حجة الاسلام و المسلمین محمد شجاعی پیام تسلیت صادر کردند (۱۳۹۴/۱۰/۱۲ - ۱۹:۳۳)
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت استاد اخلاق و سالک الی الله مرحوم حجة الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد شجاعی رضوان الله علیه را به خانواده ی مکرّم و ارادتمندان و شاگردان و مستفیدان از بیانات ایشان تسلیت عرض میکنم. این عالم عارف و اخلاقی با افادات معنوی و اثرگذار خود که برخی از آن از رسانه ملی پخش می شد و با نفس گرم و شیرین خود که از دلی با معرفت بر میخاست، جوانان و جویندگان بسیاری را به جاده ی معارف حقیقی رهنمون بود و دارای حق بزرگی بر جامعه ی جوان کشور است. از خداوند متعال بهترین پاداش صالحان را برای این عالم ربانی مسألت میکنم.
سید علی خامنه ای
