اگرچه اجراي قوانین مالیاتي بدون ضمانت‌هاي اجرايي کافي سخت و حتي
ناممکن است، اما بايد براي اجراي قانوني با پیچیدگي مالیات بر ارزش افزوده آن هم
در دوره اجراي آزمايشي تمهیدات ديگري نیز انديشید و فقط نمي‌توان با اتکا به فشار
ضمانت‌هاي اجرايي آن هم با جرائم بسیار بالا اين قانون را اجرا کرد.در حال حاضر سازمان امور مالیاتي، مالیات بر ارزش
افزوده كالاهاي وارداتي را به محض
ورود اِعمال و از واردکننده دريافت مي‌کند، در صورتي‌که موضوع مهم استرداد مالیات
بر ارزش افزوده كالاهاي صادراتي در دوره طولاني و معمولا پس از رسیدگي کامل به
انجام مي‌رسد.
تأخير در پرداخت حقوق مؤديان صادركننده معمولا از طرف مؤديان مورد
اعتراض قرار مي گيرد. اين موضوع در شرايط رکود اقتصادي و کمبود نقدينگي فعالان
اقتصادي، مي‌تواند حساسیت و واکنش مؤديان را برانگیخته و مشكلاتي را براي آنها و در
نتيجه روند اجراي قانون به وجود آورد.
دلیل اصلي طولاني شدن اين فرآيند به نبود زيرساخت‌هاي نرم‌افزاري و سخت‌افزاري يا سیستم اتوماسیون فرآيندهاي تشخیص و وصول مالیات و نبود نیروي انساني خبره در بحث تشخیص و وصول مالیات و بعضا برخي اختلالات و کمبودهاي اطلاعات اقتصادي مؤديان در سازمان امور مالیاتي است.
از سوي ديگر با توجه به حساسیت، سیستماتیك و زنجیروار بودن نظام
حسابداري مالیات بر ارزش افزوده جرائم مالياتي سنگيني در مواد مختلف براي متخلفين
تعيين شده است.
اگرچه اجراي قوانین مالیاتي بدون ضمانت‌هاي اجرايي کافي سخت و حتي ناممکن است، اما بايد براي اجراي قانوني با پیچیدگي مالیات بر ارزش افزوده آن هم در دوره اجراي آزمايشي تمهیدات ديگري نیز انديشید و فقط نمي‌توان با اتکا به فشار ضمانت‌هاي اجرايي آن هم با جرائم بسیار بالا اين قانون را اجرا کرد. معمولا در مراحل اولیه اجرا بسیاري از مؤديان به صورت غیرعمدي دچار برخي تخلفات و خطاهايي مي‌شوند. از اين رو اعمال جرايم سنگين مي‌تواند مشكلات اين قانون را افزايش دهد.
