پس از رأی عدم اعتماد مجلس به نجفی برای وزارت آموزش پرورش، دو روز بعد، رئیس جمهور وی را به معاونت رئیسجمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری کشور منصوب کرد. در دهم بهمن ۱۳۹۲، نجفی از ریاست سازمان میراث فرهنگی استعفا و حسن روحانی وی را به مشاور رئیس جمهور و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی جمهوری اسلامی ایران منصوب کرد. مهمترین دلیل استعفای نجفی از سازمان میراث فرهنگی، بیماری قلبی وی و عدم امکان خدمت با توجه به شرایط جسمی اعلام شده بود.
به گزارش «تابناک»، با استیضاح فرجی دانا، بلافاصله آقای روحانی در عمل به وظیفه قانونی خود، محمد علی نجفی را به سرپرستی وزارت علوم منصوب کرد. با این حال، انتخاب نجفی واکنشهای متناقضی در پی داشت، زیرا برخی بر این باور بودند، این کار دولت در پاسخ به استیضاح مجلس است.
مخالفان این انتصاب بر این باور داشتند که آقای روحانی کسی را به سرپرستی وزارت علوم برگزیده که اولاً حتی از همین مجلس برای وزارت آموزش و پرورش رأی اعتماد نگرفته و از سوی دیگر، ایشان چهرهای نیست که در وزارت علوم تغییری ایجاد کند و مطمئناً ادامه دهنده وزیر قبلی است. در همین حال برخی به همین دلایل از انتخاب نجفی شادمان بودند.
با این حال، حجتالاسلام مجید انصاری، معاون پارلمانی رئیس جمهور اعلام کرد، هنوز گزینه اصلی برای معرفی قطعی برای وزارت علوم مشخص نیست و دولت در مهلت سه ماهه خود، گزینهاش را معرفی خواهد کرد.
در این میان، ناگهان نجفی در اظهارنظری جنجالی در پاسخ به خبرنگاری درباره زمان اعلام گزینه پیشنهادی دولت برای وزارت علوم گفت: انشاءالله خودم گزینه پیشنهادی خواهم بود؛ هرچند پس از واکنشهای متعدد به این اظهار نظر، نجفی دوباره اعلام کرد که وزیر علوم شدنش جدی نیست و این حرفها واقعیت ندارد.
در همین حال، امروز برخی خبرگزاریها اعلام کردهاند که امروز عصر، محمد علی نجفی به کمیسیون آموزش و تحقیقات رفته است. بنا بر این اخبار، نجفی با حضور در کمیسیون آموزش، برنامههای خود را برای سه سال ارائه کرده است.
همچنین زهره طبیبزاده، عضو کمیسیون آموزش، تحقیقات و فناوری مجلس در گفتوگو با تسنیم مدعی شده است، «آقای نجفی که در کمیسیون آموزش حضور یافت، برنامههای خود برای اداره این وزارتخانه را هفت ساله ارائه کرده است. وی همچنین اضافه کرده است که وزیر علوم میدانست تا پایان عمر سه ساله دولت یازدهم، تصدی وزارت علوم را بر عهده دارد و چهار سال دیگر آقای روحانی رأی میآورد و در دولت دوازدهم نیز همچنان نجفی وزیر علوم خواهد ماند».
در همین راستا، عطاءالله سلطانی صبور، نماینده همدان و عضو کمیسیون آموزش، تحقیقات و فنآوری مجلس در گفتوگو با تابناک بیان داشت: آقای نجفی با دعوت کمیسیون آموزش برای ارائه برنامه خودشان به این کمیسیون آمدند و برنامه سه ساله خودشان را ارائه دادند.
این نماینده مجلس افزود: بحث معرفی ایشان در این نشست مطرح نبود. بحث این بود که از اینها خواسته بودیم برنامه وزارت علوم برای بحثهای مالی دانشگاهها چیست، که ایشان برنامههای وزارت علوم در این موارد را به کمیسیون ارائه کرد.
وی با این حال تاکید نمود، تحلیل ما این است که ایشان قطعاً گزینه وزارت علوم نخواهد بود و معرفی نخواهد شد. من حتی احتمال یک درصد هم نمیدهم که ایشان به سمت وزیر معرفی شوند. حضور ایشان صرفاً بنا بر سرپرست بودن برای ارائه برنامه به مجلس بود.