عاد إلى البحرين من مدينة قم عام 1993م والتزم إمامة المصلين في جامع الإمام الصادق بالدراز نيابةً عن آية الله الشيخ عيسى أحمد قاسم الذي سافر آنذاك إلى قم لمواصلة مسيرته العلمية، وبعد عودة آية الله قاسم ومع الإنفراجة السياسية التزم إمامة المصلين بمسجد الصادق (ع) بمنطقة القفول بالمنامة.
العريضة النخبوية
في العام 1992، وقع الشيخ علي سلمان من بين 280 شخصية بحرينية على العريضة النخبوية التي قدمت للأمير عيسى بن سلمان آل خليفة (والد الملك البحريني الحالي)، وطالبته بإصدار أمر لإجراء الانتخابات للمجلس الوطني في البحرين، التي كانت إمارة في وقتها، فجاء رد أمير البحرين: "لا تفكير حالياً في عودة المجلس الوطني".
الانتفاضة التسعينية
وشارك الشيخ علي سلمان في الانتفاضة التسعينية التي استمرت من العام 1994 حتى العام 2000، وضمّت قوى يسارية وليبرالية وإسلامية، وهدفت لنيل الشعب مطالبه الدستورية، والتي تمثلت بـ:
إعادة الديمقراطية من خلال إعادة انتخابات المجلس الوطني الذي الذي تم حله في 1975 بطريقة مخالفة للدستور.
- الإفراج عن جميع السجناء السياسيين وإعادة المنفيين.
- منح المرأة الحقوق المدنية والسياسية.
- ضمان أن تسود العدالة بين جميع المواطنين.
- إجراء إصلاحات اقتصادية.
إبان الانتفاضة اعتقل الشيخ علي سلمان
أكثر من مرة بين عامي 1993م و1994م ومن ثم جرى إبعاده للإمارات العربية
المتحدة في نهاية 1994م، ومنها انتقل إلى لندن.
العودة إلى البحرين والانخراط في العمل السياسي
عام
2001م عاد الشيخ علي سلمان إلى وطنه بعد طرح مشروع الميثاق الوطني، لينخرط
في العمل السياسي كأمين عام لجمعية الوفاق الوطني الإسلامية.
وبعد
قرار جمعية الوفاق الإسلامية المشاركة في العملية السياسية والانتخابية في
العام 2006، انتخب الشيخ علي سلمان كنائب في مجلس النواب البحريني. قبل ان
تستقيل كتلة الوفاق من البرلمان عام 2011 بعد تعثر جهودها لإيقاف قتل
المدنيين على يد قوات الأجهزة الأمنية و العسكرية .
يتولى حالياً
منصب الأمين العام لـ جمعية الوفاق الوطني الإسلامية، ويلقي خطبه وكلماته
من منبر صلاة يوم الجمعة في مسجد الإمام الصادق بمنطقة القفول. ويعتبر أحد
قادة المعارضة البحرينية.
وقد استطاع الشيخ علي سلمان خلال مسيرته
السياسية ضبط المعارضة السلمية وتحويل السلمية واللاعنف لسلوكٍ شعبي عام
في الشارع البحريني المطالب بالتحول الديمقراطي.